Identifizierung genetischer Risikofaktoren bei Psoriasisarthritis:
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| Sprache: | Deutsch |
| Veröffentlicht: |
Erlangen ; Nürnberg
2017
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| adam_text | IDENTIFIZIERUNG GENETISCHER
RISIKOFAKTOREN BEI PSORIASISARTHRITIS
DER NATURWISSENSCHAFTLICHEN FAKULTAET
DER FRIEDRICH-ALEXANDER-UNIVERSITAET ERLANGEN-NUERNBERG
ZUR
ERLANGUNG DES DOKTORGRADES DR. RER. NAT.
VORGELEGT VON
MARIA EHRLICHER
AUS HEILIGENSTADT
I
NHALT
1. EINLEITUNG
.....................................................................................................................................
8
1.1 PSORIASIS UND
PSORIASISARTHRITIS...............................................................................................8
1.1.1 KLINISCHE
MANIFESTATIONEN.......................................................................................................................8
1.1.2 KLINISCHE, HISTOLOGISCHE UND IMMUNOLOGISCHE BEFUNDE BEI PSV UND
PSA
.........................................
10
1.1.3
EPIDEMIOLOGIE.........................................................................................................................................
12
1.1.4
RISIKOFAKTOREN........................................................................................................................................
12
1.1.4.1
UMWELTFAKTOREN.............................................................................................................................
12
1.1.4.2 GENETISCHE FAKTOREN UND
IMMUNMODULATION.............................................................................14
1.2
KOPIENZAHLVARIANTEN.............................................................................................................
22
1.3
ZIELSETZUNG.............................................................................................................................24
2.
M A TE RIA L UND M E TH O D E N
..........................................................................................................
25
2.1
STUDIENKOHORTEN...................................................................................................................25
2.1.1 PSORIASISARTHRITIS
(PSA)-PATIENTEN.........................................................................................................25
2.1.2 PSORIASIS VULGARIS
(PSV)-PATIENTEN........................................................................................................27
2.1.3 ATOPISCHE DERMATITIS
(AD)-PATIENTEN..................................................................................................
27
2.1.4 PSEUDOEXFOLIATIONSSYNDROM
(PEX)-PATIENTEN......................................................................................27
2.1.5 POPULATIONSBASIERTE KONTROLLKOHORTE AUS
GREIFSWALD........................................................................27
2.1.6 POPULATIONSBASIERTE KONTROLLKOHORTE AUS
KIEL.....................................................................................28
2.1.7 KONTROLLINDIVIDUEN AUS ANDEREN
STUDIEN.............................................................................................
28
2.1.8 POPULATIONSBASIERTE KONTROLLKOHORTE AUS
AUGSBURG..........................................................................28
2.1.9 GESUNDE
BLUTSPENDER............................................................................................................................28
2.1.10 PSA-PATIENTEN UND KONTROLLPROBANDEN NICHTDEUTSCHER
HERKUNFT..............................................29
2.1.11 RNAS AUS
GEWEBEPROBEN...............................................................................................................29
2.2
METHODEN.............................................................................................................................
30
2.2.1 DNA-ISOLATION AUS HUMANEM
BLUT........................................................................................................30
2.2.2 RNA-ISOLATION AUS HUMANEM
BLUT...................................................................
30
2.2.3 QUANTIFIZIERUNG VON
NUKLEINSAEUREN......................................................................................................30
2.2.4 AUFREINIGUNG VON
DNAS.........................................................................................................................30
2.2.5 AMPLIFIKATION GESAMTGENOMISCHER
DNA.............................................................................................
30
2.2.6
POLYMERASE-KETTENREAKTION.................................................................................................................
31
2.2.7
GELELEKTROPHORESE.................................................................................................................................
32
2.2.8 AUFREINIGUNG VON
PCR-PRODUKTEN.........................................................................................................32
2.2.8.1 AUTOMATISIERTE AUFREINIGUNG MIT MAGNETISCHEN BEADS
............................................................
32
2.2.8 2 ENZYMATISCHE
AUFREINIGUNG.........................................................................................................
33
2.2.9
SANGER-SEQUENZIERUNG.........................................................................................................................
33
2.2.10 MULTIPLEX LIGATION-DEPENDENT PROBE AMPLIFICATION (MLPA)
........................................................
34
2.2.11 REVERSE TRANSKRIPTASE-PCR
(RT-PCR)...............................................................................................35
2.2.12 TAQMAN-BASIERTE M
ETHODEN............................................................................................................36
2.2.12.1 QUANTITATIVE
ANALYSEN..............................................................................................................
36
2.2.12.1.1
EXPRESSIONSANALYSE................................................................................................................37
2.2.12.1.2 BESTIMMUNG DER ANZAHL VON GENKOPIEN
.............................................................................
38
2.2.12.2
SNP-GENOTYPISIERUNG...................................................................................................................
39
2.2.13 SELEKTION VON SNPS FUER DIE
GWAS-FOLGESTUDIE...............................................................................40
2.2.14 STATISTISCHE UND BIOINFORMATISCHE
BERECHNUNGEN.........................................................................
40
2.2.14.1 BERECHNUNG DER
ALLEIFREQUENZEN.............................................................................................
40
2.2.14.2 BERECHNUNG DER ODDS RATIOS
(OR)...............................................................................................41
2.2.14.3
STRATIFIKATIONSEFFEKTE...................................................................................................................
41
2.2.14.4 ANALYSE VON KOPPLUNGSUNGLEICHGEWICHT UND HAPLOTYPBLOECKEN
.............................................
41
2.2.14.5 BERECHNUNG VON
HAPLOTYPEN......................................................................................................
41
2.2.14.6 BESTIMMUNG DES
HARDY-WEINBERG-GLEICHGEWICHTES................................................................42
2.2.14.7 LOGISTISCHE
REGRESSIONSANALYSE..................................................................................................42
2.2.15 GENOTYPISIERUNG MITTELS MIKROARRAYS
.............................................................................................
42
2.2.16 ALGORITHMEN ZUR IDENTIFIZIERUNG VON
CNVS.....................................................................................43
2.2.17 GENOMWEITE CNV-ASSOZIATIONSSTUDIE
............................................................................................
44
2.2.17.1
DATENFILTERUNG...............................................................................................................................44
2.2.17.2
ASSOZIATIONSBERECHNUNG..............................................................................................................45
2.2.17.3 ANALYSE VON
BATCHEFFEKTEN.........................................................................................................
46
2.2.17.4 CHARAKTERISIERUNG DER
CNVS........................................................................................................
47
2.2.18 CNV-ANALYSE AN PSA/
PSV-SUSZEPTIBILITAETSLOCI................................................................................47
2.2.19
KORRELATIONSANALYSE.........................................................................................................................48
2.2.20 SEQUENZIERUNG VON ZIELREGIONEN MITTELS LONTORRENT-TECHNOLOGIE
..............................................
49
2.2.20.1 ANALYSE DER ZIELREGION AM
RUNX3-LOKUS...................................................................................49
2.2.20.2
QUANTIFIZIERUNG............................................................................................................................
49
2.2.20.3 FRAGMENTIERUNG DER
DNA.............................................................................................................50
2.2.20.4
BARCODIERUNG................................................................................................................................50
2.2.20.5 NICK-TRANSLATION UND
AMPLIFIKATION...........................................................................................
50
2.2.20.6 TEMPLATE-PRAEPARATION, SEQUENZIERUNG UND
DATENANALYSE......................................................51
2.3
MATERIALIEN...........................................................................................................................52
2.3.1
VERBRAUCHSMATERIALIEN.........................................................................................................................52
2.3.2 ENZYME, CHEMIKALIEN UND
STANDARDS.................................................................................................
52
2.3.3
KITS..........................................................................................................................................................
53
2.3.4 MIKROARRAYS UND
CHIPS.........................................................................................................................
54
2.3.5 PUFFER UND
LOESUNGEN.............................................................................................................................
54
2.3.6
OLIGONUKLEOTIDE......................................................................................................................................54
2.3.7 SELBSTENTWORFENE
TAQMAN-ASSAYS.......................................................................................................54
2.3.8 VORGEFERTIGTE
TAQMAN-ASSAYS..............................................................................................................
55
2.3.9
MLPA-SONDEN.........................................................................................................................................55
2.3.10
GERAETE...............................................................................................................................................
56
2.3.11 SOFTWARE, DATENBANKEN UND VORHERSAGEPROGRAMME
.................................................................
57
2.3.11.1 SOFTWARE ZUR DATENVERARBEITUNG UND
ANALYSE.........................................................................57
2.3.11.2 STATISTISCHE
ANALYSEN...................................................................................................................57
2.3.11.3
CNV-ALGORITHMEN.........................................................................................................................57
2.3.11.4 DATENBANKEN UND
BROWSER.........................................................................................................57
2.3.11.5 ANALYSE DES KOPPLUNGSUNGLEICHGEWICHTES UND HAPLOTYPENBESTIMMUNG
.............................
58
2.3.11.6 ANALYSE DES
HARDY-WEINBERG-EQUILIBRIUMS..............................................................................
58
2.3.11.7 ANALYSE DER EVOLUTIONAERE KONSERVIERUNG
..................................................................................
58
2.3.11.8 IN SILICO ANALYSEN VON BINDUNGSSTELLEN FUER
TRANSKRIPTIONSFAKTOREN, INTERAKTIONEN
.............
58
2.3.11.9 DESIGN VON OLIGONUKLEOTIDEN UND
SONDEN................................................................................
58
2.3.11.10 SEQUENZVERGLEICH (ALIGNMENT)-PROGRAMME
.......................................................................
58
3. ERGEBNISSE
...................................................................................................................................
59
3.1 ANALYSE VON CNVS ALS POTENTIELLE RISIKOFAKTOREN FUER
PSA.................................................59
3.1.1 EVALUATION VON ALGORITHMEN ZUR DETEKTION VON
CNVS........................................................................59
3.1.2 ANALYSE EINES NEUEN CNVS IM EPIDERMALEN DIFFERENZIERUNGSKOMPLEX
............................................
61
3.1.2.1 DETEKTION DER
LCEL-DELETION......................................................................................................
61
3.1.2.2 VALIDIERUNG DER
LCEL-DELETION....................................................................................................61
3.1.2.3 PCR- UND
BRUCHPUNKTANALYSEN....................................................................................................
64
3.1.2.4 VERTEILUNG DER ALLEIFREQUENZEN UND ASSOZIATIONSBERECHNUNG
...............................................
65
3.1.2.5 STRATIFIZIERUNG NACH PSORSL-TRAEGERSCHAFT UND ALTER BEI
MANIFESTATION DER PSORIASIS
.........
66
3.1.2.6 HAPLOTYPANALYSE VON FILAGGRINVARIANTEN UND VARIANTEN AM
LCE1-LOKUS.................................67
3.1.3 GENOMWEITE
CNV-ASSOZIATIONSSTUDIEN...............................................................................................
69
3.1.3.1
CNV-PILOTSTUDIEN..........................................................................................................................
69
3.1.3.2 GENOMWEITE ASSOZIATIONSANALYSE AUF
CNV-EBENE...................................................................72
3.1.4 ANALYSE VON CNVS AN
PSORIASIS-SUSZEPTIBILITAETSLOCI............................................................................90
3.1.4.1 IDENTIFIZIERUNG UND ASSOZIATION VON
CNVS................................................................................
90
3.1.5 KORRELATION DER CNV-EIGENSCHAFTEN MIT DEREN
VALIDIERBARKEIT.........................................................92
3.2 IDENTIFIZIERUNG UND ANALYSE VON WEITEREN RISIKOFAKTOREN FUER PSA
..................................
94
3.2.1 SELEKTION UND GENOTYPISIERUNG WEITERER LOCI AUS DEM
GWAS-DATENSATZ.......................................94
3.2.2
RUNX3....................................................................................................................................................
94
3.2.2.1 BESTIMMUNG DER
LD-STRUKTUR......................................................................................................96
3.2 2.2 ASSOZIATION DER
EINZEL-SNPS..........................................................................................................97
3.2.2.3 ASSOZIATION VON
HAPLOTYPEN.........................................................................................................98
3.2.2.4 LOGISTISCHE
REGRESSIONSANALYSE....................................................................................................99
3.2.2.5
EXPRESSIONSANALYSEN....................................................................................................................100
3.2.2.6 ION
TORRENT-SEQUENZIERUNG.........................................................................................................
102
3.2.2 7 ANALYSEN ZUR
FUNKTIONALITAET........................................................................................................106
4.
DISKUSSION
...................................................................................................................................
108
4.1 GENETISCHE MODELLE BEI KOMPLEXEN ERKRANKUNGEN
.........................................................
108
4.2 CNV-ANALYSEN BEI KOMPLEXEN
ERKRANKUNGEN...................................................................109
4.2.1 ALGORITHMEN ZUR DETEKTION VON
CNVS................................................................................................
111
4.2.2 EINFLUSS DES LCEL-CNVS AUF DIE PATHOGENESE VON HAUTERKRANKUNGEN
...........................................
112
4.2.3 PILOTSTUDIE ZUR GENOMWEITEN CNV-ANALYSE
.......................................................................................
114
4.2.4 GENOMWEITE
CNV-ASSOZIATIONSSTUDIE..............................................................................................115
4.2.5 CNVS AN BEKANNTEN PSA- UND
PSV-SUSZEPTIBILITAETSLOCI.....................................................................
121
4.2.6 VALIDIERBARKEIT VON
CNVS.....................................................................................................................
122
4.2.7 AUSBLICK GENOMWEITE
CNV-ANALYSEN..................................................................................................
123
4.3 ASSOZIATION VON SNPS AUS DER GWAS-FOLGESTUDIE
............................................................
124
4.3.1
RUNX-3...................................................................................................................................................
124
4.3.1.1 AUSBLICK FUER
RUNX-3....................................................................................................................
127
5.
ZUSAMMENFASSUNG
...................................................................................................................
129
6. SUMMARY
.....................................................................................................................................
131
7.
LITERATURVERZEICHNIS
..................................................................................................................
133
S.
A NH ANG
........................................................................................................................................
153
8.1
TABELLENVERZEICHNIS.............................................................................................................153
8.2
ABBILDUNGSVERZEICHNIS........................................................................................................
154
8.3
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS.......................................................................................................
154
8.4 SELBSTENTWORFENE OLIGONUKLEOTIDE FUER PCR, TAQMAN UND MLPA
.....................................
159
8.5 GENOMWEITE
CNV-ANALYSE..................................................................................................171
8.6 GWAS-FOLGESTUDIE UND
RLWXJ-ANALYSE............................................................................190
8.7
DANKSAGUNG.........................................................................................................................192
8.8
LEBENSLAUF...........................................................................................................................
193
8.9
VEROEFFENTLICHUNGEN............................................................................................................194
PUBLIKATIONEN......................................................................................................................................................194
KONGRESSBEITRAEGE...............................................................................................................................................
194
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