Identifizierung und Analyse von Kandidatengenen für gesteigerte Infektabwehr beim Schwein:
Gespeichert in:
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| Format: | Hochschulschrift/Dissertation Buch |
| Sprache: | Deutsch |
| Veröffentlicht: |
Giessen
VVB Laufersweiler
2011
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INHALTSVERZEICHNIS
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS IV
ABBILDUNGSVERZEICHNIS VI
TABELLENVERZEICHNIS VIII
1 EINLEITUNG 1
2 LITERATURUEBERSICHT 3
2.1 MOLEKULARGENETISCHER ANSATZ FUER KRANKHEITSRESISTENZ UND VERBESSERUNG
DER IMMUNANTWORT BEIM SCHWEIN 3
2.2 BEDEUTUNG VON C/S-REGULIERENDEN STRUKTUREN 7
2.3 DAS IMMUNSYSTEM 8
2.3.1 DAS ANGEBORENE IMMUNSYSTEM 9
2.3.2 DAS ADAPTIVE IMMUNSYSTEM 10
2.4 DAS KOMPLEMENTSYSTEM 12
2.4.1 DER KLASSISCHE WEG 13
2.4.2 DER ALTERNATIVE WEG 13
2.4.3 DER LEKTIN-WEG 14
2.4.4 DER TERMINALE WEG 15
2.4.5 REGULATION DES KOMPLEMENTSSYSTEMS 15
2.5 DIE IN DIESER ARBEIT UNTERSUCHTEN KANDIDATENGENE 16
2.5.1 DIE KOMPLEMENTKOMPONENTE C6 16
2.5.2 DIE KOMPLEMENTKOMPONENTE C8G 17
2.5.3 DIE KOMPLEMENTKOMPONENTE C9 18
3 MATERIAL UND METHODEN 20
3.1 VERSUCHSUEBERSICHT 20
3.2 MATERIAL 21
3.2.1 TIERMATERIAL 21
3.2.2 CHEMIKALIEN, BIOLOGISCHES MATERIAL, ENZYME UND KITS 21
3.2.3 VERBRAUCHSMATERIAL 22
3.2.4 PUFFER, LOESUNGEN UND MEDIEN 23
3.2.4.1 LOESUNGEN UND MEDIUM FUER PLASMID- UND BAC-KULTUR 23 3.2.4.2
PUFFER UND LOESUNGEN FUER DIE BANDSHIFT-ANALYSE 23
3.2.5 LABORGERAETE 24
3.3 METHODEN 25
3.3.1 DNA-ISOLIERUNG 25
3.3.2 RNA-ISOLIERUNG 25
3.3.3 CDNA (COMPLEMENTARY DNA) SYNTHESE 26
3.3.4 POLYMERASE-KETTENREAKTION (PCR) 26
3.3.5 5 RACE (RAPID AMPLIFICATION OF CDNA ENDS) 27
3.3.6 QUANTITATIVE REAL-TIME PCR (QRT-PCR) 28
3.3.7 SEQUENZIERUNG MIT DEM APPLIED BIOSYSTEMS 3130 GENETIC ANALYZER 29
3.3.8 AUFREINIGUNG VON PCR-PRODUKTEN 29
3.3.9 BAC (BACTERIAL ARTIFICIAL CHROMOSOME) 29
3.3.9.1 BAC-KULTUR 30
3.3.9.2 BAC-SEQUENZIERUNG 31
3.3.10 KLONIERUNG 32
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN HTTP://D-NB.INFO/101304326X
DIGITALISIERT DURCH
IMAGE 2
INHALTSVERZEICHNIS II
3.3.11 SNP-GENOTYPISIERUNG (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM) 33 3.3.11.1
IDENTIFIZIERUNG VON SNPS 33
3.3.11.2 PCR-RFLP (RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM) 33
3.3.12/NS/I/CC-SEQUENZANALYSE 34
3.3.13 EMSA (ELECTROPHORETIC MOBILITY SHIFT ASSAY) 34
3.3.13.1 HERSTELLUNG VON RADIOAKTIV MARKIERTEN SONDEN 35
3.3.13.2 HERSTELLUNG VON KOMPETITOR-SONDEN 35
3.3.13.3 AUFREINIGUNG DER SONDEN MIT DEM ILLUSTRA PROBEQUANT G-50 MICRO
COLUMNS, RADIOLABELED PROBE PURIFICATION KIT (GE HEALTHCARE) 36
3.3.13.4 BINDEREAKTION (BANDSHIFT-ANALYSE) 36
3.3.13.5 RADIOGRAPHISCHER NACHWEIS DES BANDSHIFTES 36
3.3.14 ASSOZIATIONSSTUDIEN 36
4 ERGEBNISSE 38
4.1 MOLEKULARE CHARAKTERISIERUNG DER PROMOTOREN DER AUSGEWAEHLTEN
KANDIDATENGENE 38
4.1.1 DIE SECHSTE KOMPONENTE DES PORCINEN KOMPLEMENTSYSTEMS (C6) 38
4.1.1.1 SEQUENZIERUNG DER PROMOTORREGION 38
4.1.1.2 IDENTIFIZIERUNG DES TRANSKRIPTIONSSTARTPUNKTES 38
4.1.1.3 IDENTIFIZIERUNG VON POLYMORPHISMEN 40
4.1.1.4 IN S/7/CO-SEQUENZANALYSE DES C6-PROMOTORS 41
4.1.1.5 NACHWEIS EINES SEQUENZSPEZIFISCH BINDENDEN PROTEINKOMPLEXES
DURCH EMSA-ANALYSE 44
4.1.2 DIE KOMPONENTE C8G DES PORCINEN KOMPLEMENTSYSTEMS 46 4.1.2.1
SEQUENZIERUNG DER PROMOTORREGION 46
4.1.2.2 IDENTIFIZIERUNG DES TRANSKRIPTIONSSTARTPUNKTES 47
4.1.2.3 IDENTIFIZIERUNG VON POLYMORPHISMEN 47
4.1.2.4 IN S/7/CO-SEQUENZANALYSE DES C8G-PROMOTORS 48
4.1.3 DIE NEUNTE KOMPONENTE DES PORCINEN KOMPLEMENTSSYSTEM (C9) 50
4.1.3.1 SEQUENZIERUNG DER PROMOTORREGION 50
4.1.3.2 IDENTIFIZIERUNG DES TRANSKRIPTIONSSTARTPUNKTES 51
4.1.3.3 IDENTIFIZIERUNG VON POLYMORPHISMEN 51
4.1.3.4 IN S/7/CO-SEQUENZANALYSE DES C9-PROMOTORS 52
4.1.3.5 NACHWEIS EINES SEQUENZSPEZIFISCH BINDENDEN PROTEINKOMPLEXES
DURCH EMSA-ANALYSE 55
4.2 ASSOZIATIONSSTUDIEN 56
4.2.1 ERGEBNISSE DER ASSOZIATIONSSTUDIEN FUER DEN SNP C7RC.726C T 57
4.2.1.1 ERGEBNISSE DER GENOTYPISIERUNG VON SNP C7RC.726C T 57 4.2.1.2
EFFEKTE DES SNP C1R C.726C T AUF DEN PHAENOTYP *MRNA- EXPRESSION 58
4.2.2 ERGEBNISSE DER ASSOZIATIONSSTUDIE FUER DEN SNP C1S C.2054A G 58
4.2.2.1 ERGEBNISSE DER GENOTYPISIERUNG VON SNP C1S C.2054A G 58 4.2.2.2
EFFEKTE DES SNP C1S C.2054A G AUF DEN PHAENOTYP *MRNA- EXPRESSION 59
4.2.3 ERGEBNISSE DER ASSOZIATIONSSTUDIE FUER DEN SNP C6 -80C T 60 4.2.3.1
ERGEBNISSE DER GENOTYPISIERUNG VON SNP C6 -80C T 60
IMAGE 3
INHALTSVERZEICHNIS III
4.2.3.2 EFFEKTE DES SNP C6 -80C T AUF DEN PHAENOTYP *MRNA- EXPRESSION 61
4.2.4 ERGEBNISSE DER ASSOZIATIONSSTUDIE FUER DEN SNP C6 C.862A G 63
4.2.4.1 ERGEBNISSE DER GENOTYPISIERUNG VON SNP C6 C.862A G 63 4.2.4.2
EFFEKTE DES SNP C6 C.862A G AUF DEN PHAENOTYP *MRNA- EXPRESSION 63
4.2.5 ERGEBNISSE DER ASSOZIATIONSSTUDIEN FUER DEN SNP C7 C.154A G 65
4.2.5.1 ERGEBNISSE DER GENOTYPISIERUNG VON SNP C7 C.154A G 65 4.2.5.2
EFFEKTE DES SNP C7 C.154A G AUF DEN PHAENOTYP *MRNA- EXPRESSION 65
4.2.6 ERGEBNISSE DER ASSOZIATIONSSTUDIEN FUER DEN SNP C8A C.1544C T 67
4.2.6.1 ERGEBNISSE DER GENOTYPISIERUNG VON SNP C8A C.1544C T 67 4.2.6.2
EFFEKTE DES SNP C8A C.1544C T AUF DEN PHAENOTYP *MRNA- EXPRESSION 67
4.2.7 ERGEBNISSE DER ASSOZIATIONSSTUDIEN FUER DEN SNP C9 -737C T 68
4.2.7.1 ERGEBNISSE DER GENOTYPISIERUNG VON SNP C9 -737C T 68 4.2.7.2
EFFEKTE DES SNP C9 -737OT AUF DEN PHAENOTYP *MRNA- EXPRESSION 69
4.2.8 ERGEBNISSE DER ASSOZIATIONSSTUDIEN FUER DEN SNP C9 C.350A G 70
4.2.8.1 ERGEBNISSE DER GENOTYPISIERUNG VON SNP C9 C.350A G 70 4.2.8.2
EFFEKTE DES SNP C9 C.350A G AUF DEN PHAENOTYP *MRNA- EXPRESSION 70
4.2.9 ZUSAMMENHANG ZWISCHEN DEN LUNGENBEFUNDEN UND DEM PHAENOTYP
*MRNA-EXPRESSION 71
4.2.10 GENOTYPVERTEILUNG IN ABHAENGIGKEIT VOM ERHOBENEN LUNGENBEFUND 74 5
DISKUSSION 76
5.1 MOLEKULARE STRUKTUR DER PROMOTOREN DER KANDIDATENGENE C6, C8G UND C9
76
5.1.1 CHARAKTERISIERUNG DES PROMOTORS DES PORCINEN C6-GENS 76 5.1.2
CHARAKTERISIERUNG DES PROMOTORS DES PORCINEN C8G-GENS 83 5.1.3
CHARAKTERISIERUNG DES PROMOTORS DES PORCINEN C9-GENS 84 5.2
ASSOZIATIONSANALYSEN 89
5.2.1 INTERAKTION ZWISCHEN DEN KOMPLEMENTKOMPONENTEN 89
5.2.2 POLYMORPHISMEN UND GENOTYPISIERUNG 90
5.2.3 ASSOZIATION DER FRUEHEN KOMPLEMENTKOMPONENTEN 91
5.2.4 ASSOZIATION DERTERMINALEN KOMPLEMENTKOMPONENTEN 92 5.2.5 EIGNUNG
DES LUNGENBEFUNDES ALS MERKMAL FUER TIERGESUNDHEIT 95 5.3 FAZIT UND
PERSPEKTIVEN FUER WEITERE UNTERSUCHUNGEN 98
6 ZUSAMMENFASSUNG 100
7 SUMMARY 102
8 LITERATURVERZEICHNIS 104
9 ANHANG 119
10 ERKLAERUNG 126
11 DANKSAGUNG 127
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| spellingShingle | Schütze, Sabine Identifizierung und Analyse von Kandidatengenen für gesteigerte Infektabwehr beim Schwein pigs cabt immune response cabt RNA cabt genotypes cabt gene expression cabt promoters cabt Kandidatengen (DE-588)4672756-5 gnd Schwein (DE-588)4053848-5 gnd Komplement Immunologie (DE-588)4120589-3 gnd Immunreaktion (DE-588)4133841-8 gnd |
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