Availability: Untersuchungen zur Optimierung von markerunterstützten Zuchtwertschätzverfahren in der Rinderzucht

Untersuchungen zur Optimierung von markerunterstützten Zuchtwertschätzverfahren in der Rinderzucht:

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Main Author:	Neuner, Stefan Jochen 1980- (Author)
Format:	Thesis/Dissertation Book
Language:	German
Published:	Kiel Selbstverl. des Inst. für Tierzucht und Tierhaltung der Christian-Albrechts-Univ. zu Kiel 2009
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adam_text	Titel: Untersuchungen zur Optimierung von markerunterstützten Zuchtwertschätzverfahren in der Rinderzucht Autor: Neuner, Stefan Jochen Jahr: 2009 Inhaltsverzeichnis Inhaltsverzeichnis 1 Einleitung.......................................................................................................................1 2 Literaturübersicht...........................................................................................................3 2.1 Molekulargenetische Information in der Tierzucht..................................................4 2.1.1 Genetische Marker.........................................................................................5 2.1.2 Markerkarten für Rinder..................................................................................7 2.1.3 Entdeckung von Beziehungen zwischen Markern und QTL in Rinderpopulationen........................................................................................................9 2.1.4 Nutzung von QTL-Markerbeziehungen in Zuchtprogrammen........................12 2.2 MA-BLUP Methodik..............................................................................................14 2.2.1 QTL als fixer Effekt.......................................................................................15 2.2.2 QTL als zufälliger Effekt................................................................................17 2.2.3 QTL als Linearkombination von Basisallelen................................................19 2.2.4 Marker für MA-BLUP....................................................................................19 2.3 IBD Algorithmen...................................................................................................20 2.3.1 Rekursive Algorithmen..................................................................................20 2.3.2 Korrelationsgestützte Algorithmen................................................................21 2.3.3 Simulationsbasierte Algorithmen..................................................................21 2.4 Zweistufenansatz.................................................................................................22 2.5 Simulationsstudien zur MAS.................................................................................23 2.5.1 Annahmen in bisherigen Untersuchungen....................................................23 2.5.2 Ergebnisse von Simulationsstudien..............................................................27 2.6 MAS in realen Zuchtprogrammen für Rinder........................................................31 2.6.1 Anwendungen in der Rinderzucht.................................................................32 2.6.2 Evaluierung von MAS...................................................................................34 3 Material und Methoden................................................................................................37 3.1 Vorgehen bei der Simulation................................................................................37 3.1.1 Genetisches Modell......................................................................................37 3.1.2 Molekulargenetische Information im genetischen Modell..............................39 Inhaltsverzeichnis 3.1.3 Datensimulation unter Berücksichtigung eines QTL......................................41 3.1.4 Genetische Marker.......................................................................................42 3.1.5 Modelle für die Zuchtwertschätzung.............................................................43 3.1.6 Zweistufenansatz für MA-BLUP....................................................................45 3.1.7 Genetische Parameter für Milchleistung und Zellzahl...................................48 3.1.8 Populationsstruktur und chronologischer Ablauf der Datensimulation...........49 3.2 Szenarien der Modellierung und Auswertung.......................................................52 3.2.1 MA-BLUP für eine ganze Population............................................................54 3.2.2 MA-BLUP in einem Zweistufenansatz...........................................................55 3.2.3 Umfang und Struktur des Pedigrees und der Genotypisierung für MA-BLUP 58 3.3 Technische Umsetzung der Simulation................................................................62 3.4 QTL Parameterschätzung für Zellzahl..................................................................63 4 Ergebnisse...................................................................................................................67 4.1 MA-BLUP für eine ganze Population....................................................................67 4.2 Informationsverlust durch Zweistufenansatz.........................................................69 4.2.1 Ergebnisse für Milchleistung.........................................................................69 4.2.2 Ergebnisse für die Zeilzahl...........................................................................78 4.3 Umfang und Struktur des Pedigrees und der Genotypisierung für MA-BLUP.......79 4.3.1 Zufälliges Fehlen von Genotypen.................................................................79 4.3.2 Genotypisierungsdichte und Pedigreetiefe bei Zwei-Markersituation............82 4.4 Schätzung genetischer Parameter für QTL bei Fleckvieh.....................................87 5 Diskussion...................................................................................................................91 5.1 Datensimulation...................................................................................................92 5.2 MA-BLUP in einem Zweistufenansatz..................................................................96 5.3 Phänotypen für MA-BLUP und Informationsverlust im Zweistufenansatz.............97 5.4 Anteil des QTL an der additiv-genetischen Varianz............................................102 5.5 Umfang des MA-BLUP Pedigree........................................................................105 5.6 Auswirkung fehlender Genotypisierungen..........................................................107 5.7 Eigenschaften des Merkmals.............................................................................109 5.8 Perspektive für die Tierzuchtpraxis.....................................................................109 Inhaltsverzeichnis 6 Zusammenfassung....................................................................................................113 7 Summary...................................................................................................................117 8 Literaturverzeichnis....................................................................................................119 Tabellenverzeichnis Tabellenverzeichnis Tabelle 1: Kennzahlen für die Merkmale Milchleistung und sornatische Zellzahl.................49 Tabelle 2: Kennzahlen der Population für die Simulation....................................................50 Tabelle 3: Modelle nach denen Varianzkomponenten und Zuchtwerte für die simulierten Datensätze geschätzt werden.............................................................................................57 Tabelle 4: Charakteristika des kurzen und tiefen Pedigree und der dazugehörigen phänotypischen Daten.........................................................................................................61 Tabelle 5: Anteil fehlender Genotypisierungen für einzelne Tiergruppen im MA-BLUP Pedigree.............................................................................................................................61 Tabelle 6: Verwendete externe Programme........................................................................63 Tabelle 7: Marker- und Genotypisierungsinformation im Datenbestand für Fleckvieh.........65 Tabelle 8: Phänotypische Information im untersuchten Datenmaterial für Fleckvieh..........65 Tabelle 9: Geschätzte und simulierte Varianzkomponenten für einzelne QTL-Anteile bei MA- BLUP für die gesamte Population........................................................................................68 Tabelle 10: Genauigkeiten der Zuchtwerte für einzelne Tiergruppen im polygenen Tiermodell und im MA-BLUP Tiermodell bei MA-BLUP für die gesamte Population..............................68 Tabelle 11: Simulierte und geschätzte Varianzkomponenten im Tiermodell für den MA-BLUP Datensatz bei einen Anteil der QTL Varianz an der gesamten additiv-genetischen Varianz von 30%..............................................................................................................................70 Tabelle 12: Simulierte und geschätzte Varianzkomponenten im MA-BLUP Modell für einen Anteil der QTL Varianz an der gesamten additiv-genetischen Varianz von 30%..................71 Tabelle 13: Simulierte und geschätzte Varianzkomponenten im MA-BLUP Modell für einen Anteil der QTL Varianz an der gesamten additiv-genetischen Varianz von 30% bei einer Gewichtung der DYD nur mit den EDC oder den EDC und dem zusätzlichen Gewicht y. ... 72 Tabelle 14: Genauigkeiten der geschätzten Zuchtwerte für die Tiergruppen geprüfte Bullen, Kühe und Jungbullen bei einem Anteil des QTL an der gesamten additiv-genetischen Varianz von 10%.................................................................................................................73 Tabelle 15: Genauigkeiten der geschätzten Zuchtwerte für die Tiergruppen geprüfte Bullen, Kühe und Jungbullen bei einem Anteil des QTL an der gesamten additiv-genetischen Varianz von 30%................................................................................................................74 Tabellenverzeichnis Tabelle 16: Genauigkeiten der geschätzten Zuchtwerten für geprüfte Bullen, Kühe und Jungbullen für einen QTL-Anteil von 30% an der additive genetischen Varianz wenn DYD nur mit den EDC oder den EDC und y gewichtet werden...........................................................76 Tabelle 17: Varianzen der geschätzten Zuchtwerte für geprüfte Bullen, Kühe und Selektionskandidaten für den Prüfeinsatz (Jungbullen) bei einem Anteil des QTL an der gesamten additiv-genetischen Varianz von 30%.................................................................77 Tabelle 18: Simulierte und geschätzte Varianzkomponenten für Anteile der QTL Varianz an der additiv-genetischen Varianz von 5,10,20, 30 und 50% für das Merkmal Zellzahl.........78 Tabelle 19: Genauigkeiten von geschätzten MA-BLUP Zuchtwerten im klassischen Tiermodell (AM) und dem MA-BLUP Modell.......................................................................79 Tabelle 20: Simulierte und geschätzte Varianzkomponenten bei vollständiger und unvollständiger Genotypisierung für einen QTL-Anteil von 30%...........................................80 Tabelle 21: Streuung der geschätzten Varianzkomponenten bei vollständiger und unvollständiger Genotypisierung..........................................................................................81 Tabelle 22: Genauigkeiten der MA-BLUP Zuchtwerte bei vollständiger und unvollständiger Genotypisierung.................................................................................................................81 Tabelle 23: Simulierte und geschätzte Parameter der Varianzkomponentenschätzung für die untersuchten Einflussgrößen Phänotypen im MA-BLUP Modell, Umfang des Pedigrees und Anteil fehlender Genotypen..............................................Fehler! Textmarke nicht definiert. Tabelle 24: Genauigkeiten der auf Basis von DYD und YD geschätzten MA-BLUP Zuchtwerte für Bullen, Kühe und Jungbullen bei unterschiedlich umfangreichen Pedigrees (kurz und tief) und verschiedenen Genotypisierungsstrukturen (keine fehlenden Genotypen, mäßige Lücken und eine starke Lücken).............................................................................86 Tabelle 25: Ergebnisse der Kartierung von QTL für das jeweilige Modell mit einem QTL auf Chromosom 5 oder auf Chromosom 9................................................................................88 Tabelle 26: Schätzwerte für die eine Varianzkomponntenschätzung bei der die kartierten QTL simultan im Modell enthalten waren.............................................................................89 VI Abbildunosverzeichnis Abbildungsverzeichnis Abbildung 1: Das Daughter Design...................................................................................10 Abbildung 2: Das Granddaughter Design..........................................................................11 Abbildung 3: Genotypen und Genotypenwerte an einem biallelischen Locus....................40 Abbildung 4: Populationsstruktur und Zuchtprogramm......................................................51 Abbildung 5: Chronologische Abfolge der Datensimulation................................................52 Abbildung 6: Genauigkeiten für geprüfte Bullen, Kühe und Selektionskandidaten für den Prüfeinsatz die für das klassische Tiermodell, das Tiermodell für den MA-BLUP Datensatz und das MA-BLUP Modell in einem Zweistufenansatz für QTL-Anteile von 0, 5, 10, 20, 30, 40, 50 und 90% erzielt wurden............................................................................................75 Abbildung 7: Geschätzte additiv-genetische Varianz und QTL Varianz im Vergleich zu den simulierten Parametern für das kurze MA-BLUP Pedigree..................................................85 Abbildung 8: Geschätzte additiv-genetische Varianz und QTL Varianz im Vergleich zu den simulierten Parametern für Varianzkomponentenschätzungen nach dem MA-BLUP Modell mit phänotypischer Information für Bullen und Kühe zusammen in einem Modell...............85 Abbildung 9: Verlauf der Llkelihood-Ratio-Teststatistik für das Merkmal Zellzahl bei Fleckvieh auf Chromosom 5................................................................................................87 Abbildung 10: Verlauf der Likelihood-Ratio-Teststatistik für das Merkmal Zellzahl bei Fleckvieh auf Chromosom 9................................................................................................87 Abbildung 11: Verlauf der Allelfrequenzen für Bullen und Kühe unter Selektion................94 Abbildung 12: Verlauf der Allelfrequenzen für Bullen und Kühe ohne Selektion.................94 VII
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